El “estándar dorado” del tratamiento quirúrgico era la salpingectomía. Incluso algunos autores propusieron la anexectomía. Con la aparición de la microcirugía tubaria a fines de la década de los 60 se inicia la experiencia de cirugía conservadora: salpingotomía y extracción del saco como un modo de preservar la fertilidad. En caso de embarazo ectópico (EE) ístmicos podía hacerse la resección segmentaria con anastomosis inmediata o diferida. Desde los 70, el nuevo estándar dorado fue la cirugía conservadora.
Numerosos estudios han intentado determinar las ventajas de la cirugía conservadora versus la radical. Al parecer en caso de pacientes con fertilidad comprometida, la cirugía conservadora ofrecería mejores resultados. En los últimos años, estas premisas nuevamente se han puesto en duda especialmente cuando se considera que la fertilización in vitro ofrece buenas perspectivas de embarazo. En todo caso en pacientes con su paridad completa, cuando es el segundo EE en la misma trompa, o ésta está severamente dañada o la hemorragia es importante debe practicarse preferentemente una salpingectomía.
La cirugía puede hacerse vía laparotómica o laparoscópica, siendo esta última la de elección en sobre el 80% de los casos.  Varios estudios han demostrado definitivamente que la vía laparoscópica es mejor que la laparotómica en cuanto a resultados, costos, estadía hospitalaria, recuperación, pérdida sanguínea y necesidad de analgesia.